Ankhesenpepi II ialah anak perempuan Khui dan wazir wanita Nebet. Kakaknya Ankhesenpepi I juga berkahwin dengan Raja Pepi I dan saudaranya Djau berkhidmat sebagai wazir.[2]

Kedua-dua Ankhesenpepi II dan kakaknya Ankhesenpepi I berkahwin dengan Firaun Pepi I yang namanya takhta Meryre ; nama mereka diambil ketika perkawinan berlangsung, yang bermaksud "Kehidupannya milik Pepi/Meryre". Kedua-dua permaisuri melahirkan raja-raja: anak Ankhesenpepi I ialah Merenre Nemtyemsaf I, yang memerintah hanya selama beberapa tahun; anak lelaki Ankhesenpepi II ialah Pepi II, yang menaiki takhta selepas kemangkatan Nemtyemsaf.[2] Pepi II hanyalah seorang budak lelaki apabila menaiki takhta. Terdapat tanda-tanda bahawa Ankhesenpepi II berkhidmat sebagai pemangku untuk anaknya pada tahun-tahun awal pemerintahannya.[3] Patung yang menunjukkannya dengan anaknya di pangkuannya (sekarang di Brooklyn ) menunjukkan ratu itu yang jauh lebih besar daripada anaknya. Ada yang menafsirkan patung ini sebagai Ankhesenpepi II dan anaknya Pepi II yang memegang peranan dewi Isis dan anaknya Horus.[4]

Beliau juga disebut bersama dengan kakaknya di stela saudara lelaki mereka di Abydos, di piramidnya dan dengan menantunya Neith. Beliau juga muncul dalam sebuah dekri di Abydos.[2] Beliau digambarkan di Sinai, di mana ditunjukkan sama saiznya kepada anaknya.[3]